Après un diplôme en Musicologie et Histoire des Religions, Capucine Keller obtient un Bachelor puis un Master d’Interprétation à la Haute Ecole de Musique de Lausanne dans la classe de Brigitte Balleys avec les félicitations du jury.
Sur scène, elle interprète les rôles de Valletto (L’Incoronazione di Poppea de Monteverdi), d’Euridice et de la Ninfa (Orfeo de Monteverdi), de la Second Witch et de la Second Woman (Dido and Aeneas de Purcell), de Vittoria Archilei, Anfitrite et Armonia (La Pellegrina) et d’Eurydice (Orphée aux Enfers d’Offenbach), de La Folie et de Clarine (Platée de Rameau) mais aussi les rôles principaux de deux créations contemporaines: Alice et les sortilèges de Robert Clerc et Psychose 4.48 de Blaise Ubaldini.
Elle collabore notamment avec Chiome d’Oro, la Cappella Mediterranea, Clematis, Correspondances, l’Ensemble Clément Janequin et Geneva Camerata et a enregistré sous les labels Ricercar et Ambronay Editions. Capucine Keller est lauréate des bourses Friedl Wald en 2010 et Colette Mosetti en 2011 et en 2012. Elle est également choisie pour représenter la Suisse au prix Jeune Soliste 2013 des Radios Francophones Publiques (R.F.P.) et fait partie des solistes recommandés par la Société Française de Chefs de Choeurs en 2015. Depuis cette même année, elle est également directrice artistique du Festival de musique ancienne La Folia à Rougemont.